大正小小先生：时期是大正末期。日本作为军事国家不得不与世界争斗，激烈的时代。主人公·柊京一郎升学到帝国大学，向帝都上京。决意提升学业、为了故乡成为一名出色的人物的京一郎却因为自身特别的力量引起了军部大日本帝国军的注意。变得能看见死去的人类死灵发生于京一郎患了大病的幼时。从那时起对于京一郎而言死灵一直是恐惧的对象，而军部却将其作为对抗外国威胁的力量加以利用。军部与意图阻止其计划的人们的对立，牵连了京一郎的命运，改变着帝国的未来。